Показаны сообщения с ярлыком генеалогия. Показать все сообщения
Показаны сообщения с ярлыком генеалогия. Показать все сообщения

воскресенье, 30 июня 2019 г.

Как я нашел родственников в США

Есть ли у вас родственники в западных странах? Среди моих знакомых многие говорят, что когда-то давно в какую-нибудь революцию или во время боевых действий или просто в мирное время их дальний предок эмигрировал в США/Канаду/Германию/Австралию... Сейчас конечно ни они ни их родственники ничего не знают о судьбе или о потомках эмигранта, т.к. связь давно утеряна, но, разумеется, хотели бы получить хоть какую-то информацию.
В моей семье тоже есть такая история. И в далеком 2011 я попробовал разобраться и найти информацию о предках эмигрантах. Тогда мне еще не были известны ДНК тесты, но даже если бы я про них знал, это бы не помогло поиску.
В этом посте будет история о том как я нашел своих (потенциальных) родственников в США и какие я использовал для этого инструменты. К сожалению, найденные родственники не разделяют мой большой интерес к генеалогии, однако, может вам повезет больше.
Предыстория
Изначально у меня была следующая информация:
Когда брат моей прабабки Сергей был маленьким мальчиком, его во время революции вывез поп в Америку. 
Ни девичьей фамилии прабабки, ни даже ее имени, ни в какую именно революцию, ни почему вдруг поп решил  вывезти Сергея и уж тем более куда именно в Америку известно не было. Плюс некоторые родственники неохотно делились информацией про этот случай. Вроде бы даже у одних родственников была фотография с Сергеем из США с адресом на обратной стороне, но они ее даже не дали посмотреть.
Еще мне был известен регион, где родилась прабабка - знал что она из какой-то деревни недалеко от города Камышин Волгоградской области и была известна деревня рождения моей бабушки - дочки искомой прабабки.
Начало поиска
Первым делом нужно было узнать девичью фамилию и имя прабабки. Для этого я обратился в архив ЗАГСа Волгоградской области. Оказывается, документы хранятся в ЗАГСе в течение ста лет с момента их создания. Документы старше ста лет передаются архивам. В ЗАГСе я смог узнать имя моей прабабки - Феодосия. Это было сделано благодаря записи 1926 года о рождении моей бабушки. Девичьей фамилии прабабки в записи не было, как не было и записи о браке между прадедом и прабабкой. Стало понятно, что дальнейший поиск надо вести по архивам. Также я узнал, что до революции 1917 года записи о браках, рождениях и смертях вели церкви, после 1917 года эту функцию взяли ЗАГСы. Церкви заполняли документы, называемые метрическими книгами. По опыту поиска на каждый год в церкви велось три книги - о рождении, о смерти и о бракосочетании.
Просмотрев несколько метрических книг в архивах для села Гуселка (село в котором родилась бабушка) была найдена запись о бракосочетании моего прадеда и прабабки. Девичья фамилия прабабки оказалась Дубровина и родилась она в селе Смородино недалеко от села Гуселка.
Далее начались поиски по метрическим книгам села Смородино - хотелось найти запись о рождении прабабки, чтобы узнать ее родителей и параллельно велись поиски ее братьев и сестер.
И вот снова удача - мне и моей маме удалось найти записи о рождении Феодосии, запись о браке ее родителей, запись о рождении Сергея Дубровина (который, якобы, и уехал в США с попом) и еще записи о рождении Георгия и Евдокии Дубровиных - брата и сестры моей прабабки и Сергея.
Согласно метрических книг Сергей родился в 1885 году и вот тут с семейными данными выходит нестыковка - на период детства Сергея никаких революций не было. Если взять революцию 1905-1907, то на тот момент ему уже было 20 лет.
На некоторое время поиски остановились. Было непонятно откуда взять информацию о списках россиян, отправившихся в Америку и существовали ли такие списки вообще.
Новые данные
После продолжительных разбирательств о том, существуют ли в России списки уехавших в Америку граждан, я решил переключиться на поиски списков иммигрантов в США. Первым сайтом, куда вывел гугл был https://www.libertyellisfoundation.org/. В разное время в Америку иммигрировала куча народу. Многие из них прибыли на кораблях и прошли регистрацию на острове Эллис. Теперь регистрационные документы острова доступны на упомянутом сайте совершенно бесплатно. Плюс к этому рукописные записи сотрудников миграционной службы оцифрованы и внесены в базу, по которой можно удобно искать своих эмигрантов.
На данный момент на сайте реализован очень удобный поиск. Мне особенно понравилась функция "Звучит как".
Не помню была ли эта функция в 2011 году, но тогда я вбивал фамилию Dubrovin и не находил никаких похожих совпадений. Но один раз я вбил DubroWin и:
Сложно передать восторг от найденной записи, тогда это казалось безумно круто - да я нашел родственника, который 100 лет назад непонятно почему уехал в Америку. Совпало все - имя, фамилия и та самая деревня Смородино, которая в записях числится как Samorodina -  видимо, записывали просто на слух, поэтому получилось не так точно. На сайте я также увидел скан документов регистрации прибывших в порт. Кроме фамилии, имени и происхождения таблица содержит возраст, рост, профессию, цвет глаз и волос прибывшего, а также к кому он приезжает и самый близкий родственник, оставшийся на родине. Помимо моего родственника из той же деревни Смородино приехали еще 3 человека - Степан Булатов, Федот(р) Попов и Стачар Смирнов. Звали ли Смирнова действительно Стачар или же это исковерканное русское имя я не знаю.
И вот тут я вспомнил, что по предыстории Сергей уехал в Америку с попом. Видимо, Попов, приплывший с моим родственником стал попом при пересказе истории об эмиграции из поколения в поколение. Плыли все на корабле Джордж Вашингтон, а отправлялись в штат Мичиган.
Церковь и геналогия
Казалось, до заветного знакомства с родственниками осталось пара кликов. Я начал активно искать всех Дубровиных в Мичигане на сайтах с телефонными номерами - таких куча, если вбить в гугл "yellow pages". Потом звонил по каждому найденному номеру по скайпу и узнавал не были ли у бравших трубку родственники эмигрантами из России. Люди воспринимали мои звонки нормально - никто не нагрубил и не послал, однако про Сергея Дубровина никто ничего не знал.
После продолжительного поиска в гугле я нашел сайт www.familysearch.org/. Но сначала меня постоянно направляло на ancestry.com, а любой вариант подписки на ancestry я на тот момент позволить не мог. Сайт www.familysearch.org/ принадлежит церкви "Иисуса Христа Святых последних дней". В России данная церковь больше известна как "мормоны" - молодые люди и девушки обычно ходят парами с именами на бейджиках и с американским акцентом предлагают всем обратиться в их веру или просто почитать всякие книжки. Оказывается мормоны очень трепетно относятся к своему происхождению и хорошо знают свои семейные древа. Более того, компания из которой произошел сам ancestry.com изначально также была основана  мормонами. На www.familysearch.org можно искать по всяким базам совершенно бесплатно, но их там конечно не так много как у ancestry.com.
Вбивая Dubrovin, Dubrowin и вариации я ограничивал поиск по штату Мичиган, однако опять не выходило ни одного результата с именем Сергей.
Результаты постоянно выдавали некоего George Dubrovin (Dubroven и вариации). В какой-то момент поиска я все-таки зашел на профиль George Dubrovin и понял, что это Сергей.  Совпадали года рождения и иммиграции а также страна происхождения - Россия. Стало понятно, что Сергей сменил имя на Джордж, возможно потому, что плыл на корабле George Washington. Конечно истинных причин смены имени мне не узнать теперь никогда, но все же версия просто взять имя корабля, который привез тебя в новый мир довольно правдоподобна.
На картинке далее фрагмент документа американской переписи населения 1920 года.
У Джорджа была жена Алекс (Александра Дубровина тоже из России) и три родившихся в Мичигане сына - Джон, Алекс и Виллиам.
Это была еще одна маленькая победа. Я тогда подумал, что у трех сыновей в любом случае должны быть дети, но как потом показало мое расследование, к сожалению, ни один из них не стал отцом.
Конец
На момент моих поисков (2011-2012) я знал, что Алекс Дубровин все еще был жив, тогда как его братьев как и родителей уже не было - на том же  www.familysearch.org можно искать по индексу американских смертей.
Я смог узнать номер телефона Алекса и позвонить - на том конце молчали, потом номер стал недоступен. Впоследствии я узнал, что Алекс очень застенчив и живет толи с сиделкой толи с кем-то еще, которая экранирует его от внешних контактов. Я послал Алексу письмо обыкновенной почтой - но никакого ответа не получил.
Информацию о том, что Алекс застенчив а также другие интересные данные о семье Дубровиных я узнал с помощью потомков Степана Булатова. У Степана было двое детей, которые также вступили в брак и родили детей. Короче, ветка Степана продолжила рост - было весьма просто их отыскать.
Сейчас, я дружу с потомками Степана в фейсбуке, однако, они не разделяют мой интерес к генеалогии.
Мораль моей истории в том, что если вы хотите кого-то найти, то все в ваших руках, дерзайте!

воскресенье, 24 июня 2018 г.

Результаты ancestryDNA

Хочу извиниться перед читающей меня аудиторией, или перед теми кто когда-то меня читал, за длинный перерыв и отсутствие постов. Два года сюда не заходил. Причиной стали житейские дела - все свободное время уходило на учебу. Но мой интерес к теме о ДНК никуда не пропал, надеюсь, и ваш тоже. В этом посте я расскажу о результатах теста AncestryDNA. Вкратце, AncestryDNA меня не впечатлил.
На главной странице личного кабинета сайта есть три больших блока.
В первом блоке - DNA Story показан предполагаемый этнический состав ваших предков. Мне, например, определили, что 96% моих потенциальных предков из Чехии, Словакии, Польши и Литвы и только 2% из Финляндии и России. Хотя я и не очень глубоко знаю происхождение своей семьи, такая картина мне кажется странной. В 23andme эта часть называется Ancestry Composition и там мне нашли гораздо больше разных регионов происхождения предков. Возможно, не стоит опираться на собственные догадки о происхождении, но Ancestry Composition от 23andme кажется для меня более правдоподобной. На картинках ниже слева результат AncestryDNA, справа 23andme.

Такая разница в предсказанных результатах объясняется разным подходом компаний к расчету этнического состава. Обе компании сравнивают ДНК людей с известным происхождением с вашими результатами. Но вот базы данных из которых компании берут ДНК для сравнения отличаются. AncestryDNA сравнивает ваши данные с ДНК трех тысяч людей разного происхождения (подробнее на самом сайте AncestryDNA). Все 3000 образцов разделены на 26 регионов (таблица с регионами на сайте). Любопытно, что Финляндия/Россия это один регион в классификации и на него приходится всего 59 образцов, плюс в регионе "Восточная Европа" с 432 образцами нет России. Видимо, именно из-за такого маленького количества сравниваемых образцов для России AncestryDNA рассчитал мне такую странную картину происхождения предков. Что же касается 23andme, то они используют 11 091 образец со всего мира плюс ДНК из двух научных проектов (Human genome diversity project и 1000 Genomes project). Короче говоря, выходит, что происхождение от 23andme гораздо точнее, хотя бы исходя из того, что база для сравнения ДНК у них, как минимум, в четыре раза больше чем у AncestryDNA.
В блоке DNA Story есть также предполагаемая история, как я оказался в месте прохождения теста. Так как я хитро отсылал свои результаты через shipito, как будто я нахожусь в США, AncestryDNA считает, что мои предки из Польши, Литвы и прочих соседних стран иммигрировали в Америку в 1875-1900 и далее в начале XX века обжились где-то в районе великих озер и Нью-Йорка.
Как вы, наверно, догадались это неверная догадка - ни по поводу предков из Польши ни по поводу иммиграции в США.
Во втором большом блоке DNA Matches, как понятно из названия, находятся потенциальные родственники. Основным преимуществом базы AncestryDNA является ее размер. Из всех компаний, предоставляющих ДНК тесты у AncestryDNA самая большая база. Согласно таблицы отсюда, на май 2018 у AncestryDNA в базе уже свыше 9 миллионов человек, тогда как у 23andme только 5 миллионов.
Что касается поиска и сравнения потенциальных родственников, то можно искать по фамилии и месту. Зайдя в профиль интересующего родственника можно увидеть людей с которыми у вас с интересующим родственником имеются общие родственные связи (общие участки ДНК). Сколько всего родственников нашлось в AncestryDNA я нигде увидеть не смог - доступен только список родственников. Никаких сравнений по участкам хромосом как в 23andme с потенциальными родственниками нет. Вообще никаких упоминаний про хромосомы на сайте не видел.
Сам сайт ancestry.com очень мощный ресурс для генеалогического поиска особенно для США. Можно искать по куче различных баз - переписи населения, газеты, списки пассажиров - чего там только нет. Но все преимущества ancestry.com доступны только по платным подпискам. Кроме этого некоторые пользователи создают генеалогические деревья в ancestry, но опять - чтобы посмотреть деревья пользователей нужно купить подписку. Цены на подписки не очень радуют.
Третий большой блок DNA Circles в моем случае пустой. Если вы хорошо знаете свое генеалогическое дерево и создали его на ancestry а также связали дерево с ДНК тестами, то есть шанс попасть в ДНК круг в случае если будут общие ветви в вашем и чужих генеалогических деревьях. Подробно данный блок описать не могу, т.к. у самого таких кругов нет. На форумах по ДНК генеалогии многие считают круги бесполезными.
Кроме трех упомянутых блоков на главной странице личного кабинета есть приглашение поучаствовать в различных опросниках, результаты которых будут использоваться в научных исследованиях.
И последнее - в 23andme недавно появилась функция поделиться ссылкой на свои результаты. Вот, например, как выглядит информация по этническому составу предков для моего профиля - мой профиль 23andme. Если я захочу похвастаться своим богатым происхождением, достаточно одной ссылки и все откроется на отдельно созданной странице на сайте 23andmeAncestryDNA предлагает мне сохранить на выбор 3 файла картинки разного размера с моим результатом. Какие блин картинки, на дворе 2018 год!


Итог
AncestryDNA - самый худший вариант генетического теста из всех, что я пробовал. Информация по этническому составу, как мне представляется (на 100% не могу быть уверенным), очень далека от истины, потому что база для подсчета этнического состава очень маленькая, и в моем случае почти не включает интересные для меня регионы.
Поиск родственников ничем не выделяется, отсутствуют любые инструменты для сравнения участков хромосом.
Функция DNA Circles в моем случае никакой информации не дает.
Везде, где может быть потенциально интересная информация по родственникам сайт предлагает купить подписку.
Не понимаю, откуда берутся положительные отзывы на этот продукт, и почему у них столько клиентов. Видимо, ancestry самый популярный из всех подобных сервисов и людям просто не с чем сравнивать. AncestryDNA это красивая обертка, модный сайт, все гладко работает, но внутри скудный набор бесполезных инструментов.
Если вы хотите сделать себе ДНК тест, лучше остановиться на 23andme.

четверг, 7 июля 2016 г.

Опыт заказа ancestry DNA

После недавних комментариев о том, что компания 23andme перестала принимать наборы, присланные не из страны, в которую они покупались, я решил попробовать сделать генетический тест так, будто я нахожусь в США. А именно заказать набор на американский адрес и отправить его в лабораторию по входящей в комплект предоплаченной доставке.
Так как, результаты 23andme у меня уже есть, причем как для меня так и для моих родителей и некоторых родственников, я решил попробовать тест ancestryDNA. Сразу оговорюсь, способ, который я тут раскрою, не сработает с 23andme, но с ancestryDNA у меня все прошло гладко.
Был приятно удивлен, что база ancestryDNA больше 23andme, считав до этого последнюю абсолютным лидером на рынке ДНК тестов.
Пара слов о компании ancestry.com, продуктом которой является ancestryDNA:
Ancestry.com это самая большая компания, предоставляющая генеалогические услуги, в мире, дислоцируется в штате Юта, который многим известен мормонами. Мормоны это представители церкви Иисуса Христа и святых последних дней (LDS), приходы которой находятся по всей России. Вы могли встречать миссионеров-мормонов на улице, обычно это молодые люди или девушки 19-24 лет, приезжающие на два года из США чтобы проповедовать.
История ancestry.com тесно связана с церковью LDS - так, первый продукт компании основан на записях мормонов, очень трепетно относящихся к своей генеалогии.
В данный момент, судя по сайту, база ancestryDNA насчитывает более 2 миллионов образцов, что весьма внушительно.
Помимо ancestryDNA, компания предоставляет продукты для генеалогических исследований. По платной подписке вы получите доступ к куче всевозможных баз, например, переписям населения в США, базам натурализации, смертей, браков и многих многих других. Базы постоянно обновляются.
Заказ теста
Тест ancestryDNA стоит 99 долларов, в отличие от 199 долларов для 23andme. Пройдя по этой ссылке, вы сможете купить ancestryDNA за 89 долларов.
При заказе набора в страну не из этого списка: 
придется воспользоваться почтовым форвардером. Я для этих целей, как и для отправки обратно, использовал shipito.com
После регистрации в shipito.com у меня появился почтовый адрес в США, на который я и заказал набор ancestryDNA. Чтобы отправить набор в Россию из шипито использовал доставку Boxberry Local Pickup, которая мне обошлась в 23 доллара.
Набор 23andme через почтовых форвардеров заказать нельзя, т.к. судя по постам с форума molgen, компания не отправляет тесты на их адреса, однако можно попробовать услугу "помощь в покупке" -> "покупка через посредника" в shipito.
Прохождение теста
Набор ancestryDNA включает пробирку со штрих-кодом, который необходимо ввести в своем личном кабинете на dna.ancestry.com, тем самым привязав образец к своему аккаунту, инструкцию по выполнению теста, небольшую коробку с предоплаченной доставкой и полупрозрачный пакетик с куском адсорбера.
Процедура сбора анализа очень проста - минимум за 30-60 минут до сбора слюны нельзя есть, пить, курить, жевать жвачку и вообще лучше ничего не класть в рот. После такого "воздержания" надо поплевать в пробирку, чтобы слюна дошла до указанного уровня. Дальше нужно закрыть пробирку идущим в комплекте колпачком, в котором находится консервирующая слюну жидкость.
В отличие от 23andme, на наборе ancestryDNA я не нашел информации о сроке годности или дате выпуска пробирки.
Отправка теста в лабораторию в США
Чтобы послать набор обратно из России и симулировать отправку из США я сделал следующее:
сначала я отправил коробку с пробиркой на свой американский адрес в шипито, затем когда моя слюна дошла,
заказал на шипито специальный запрос следующего содержания:
1 Open the blue envelope.
2 You will find a small white box with USPS shipping label on it inside the blue envelope.
3 Return the box with the USPS shipping label provided
За два дня мой запрос выполнили, цена обработки составила 12 долларов - 5 долларов специальный запрос + 2 доллара обработка отправления + 5 долларов - ускоренная обработка.
И через день после выполнения запроса я наблюдал путешествие посылки по США от шипито в лабораторию в Юте.
Примерно через 2 дня после того, как согласно трек-номеру посылка была доставлена, мне пришел имейл от ancestry:
Теперь в своем аккаунте я вижу следующую картинку:
Резюме
Итого на тест я потратил:
134 доллара (99 сам набор + 23 отправка в Россию + 12 обработка специального запроса)
1500 рублей отправка EMS почтой на свой адрес в шипито.
Всего (по курсу 66 рублей за доллар) - 10 344 рубля.
Можно сэкономить 5 долларов на специальном запросе и не делать его ускоренным, также 10 долларов можно сэкономить, заказывая тест по ссылке, ну и отправлять в Америку можно было обычной почтой за 500-600 рублей.
Итого, проходя тест максимально экономно, можно уложиться в 8400 рублей.
По времени, с момента оплаты мной набора до имейла, что пробирка получена прошло 56 дней. Однако я не особо торопился отправлять набор на разных этапах его путешествия.
Думаю, если стараться все делать очень быстро, можно уложиться в 40-45 дней.
Ждем первых результатов теста...

вторник, 25 августа 2015 г.

23andme и тесты на отцовство

Одним из популярных поисковых запросов на тему генетических тестов является "тест на отцовство".



Но можно ли использовать услугу 23andme или подобной компании, например ftdna, для определения отцовства? Как определить отцовство дешевле и быстрее всего и насколько можно верить результатам? На эти вопросы я и попробую ответить в этом сообщении.
Вообще чтобы определить являются ли два человека родственниками, необходимо сравнить их ДНК хромосому за хромосомой. Если какой-то минимальный процент совпадает, то людей можно считать родственниками. Какой именно минимальный процент указывает на родственную связь - пока, думаю, не до конца разрешенный вопрос. В 23andme у моего самого дальнего потенциального родственника 0.12% общей по тесту со мной ДНК, тогда как с моим самым близким родственником, прошедшим тест - моей мамой у меня совпадает 50%. Но все наше ДНК это 3 миллиарда пар нуклеотидов, определить какой нуклеотид находится в каком месте во всех 3 миллиардах позиций очень дорого. 23andme и подобные дают сводку по нескольким миллионам позиций генома (конкретно 23andme укажет нуклеотиды в 5 миллионах позиций генома).
Компании, занимающиеся непосредственно тестами на отцовство, сравнивают определенные участки ДНК - маркеры. Если маркеры совпадают, делается соответствующее заключение о родстве.
Традиционные способы установления отцовства отличаются по количеству рассматриваемых маркеров. Наиболее популярными методами установления отцовства являются "полимеразная цепная реакция (ПЦР)" и "полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ)", хотя есть конечно и много других.
ПЦР современнее и быстрее ПДРФ. Обычно ПЦР занимает 3-9 дней и требует небольшое количество ДНК-материала для опыта - можно использовать мазок с внутренней стороны щеки, любые клетки, однако при этом способе сравниваются участки ДНК небольшого размера и тестируется обычно 6-9 участков ДНК, что меньше чем у ПДРФ.
ПДРФ более достоверный чем ПЦР метод установления отцовства, но он требует больше генетического материала, поэтому тут, возможно, придется сдавать кровь, хотя современные технологии ПДРФ позволяют сделать тест и по мазку с внутренней стороны щеки. ПДРФ обычно занимает 10-14 дней.
Конечно фирмы, предоставляющие тесты на отцовство, могут и не называть вам применяемого метода, но если тест занимает меньше 10 дней и кровь не требуется, скорее всего, применяется менее точный ПЦР.
Точность определения отцовства в 23andme и подобных составляет 100% - вы можете сравнить каждую хромосому и увидеть сколько процентов ДНК совпадает. Для родитель-ребенок совпадает 50% ДНК, бабушка/дедушка-внук совпадает 25% ДНК. Короче для ближайших родственников определить родство можно очень точно, относительно быстро и за ту же цену, что нельзя сказать о традиционных способах определения родства. Точность тут снижается а цена повышается.


Если вы хотите предварительно прикинуть являются ли два человека родителем и ребенком, можно рассмотреть группу крови исследуемых лиц. В таблице показаны возможные группы крови ребенка при различных сочетаниях групп крови отца и матери. Если у потенциальных матери с отцом первая группа крови, а у ребенка вторая, то, скорее всего, надо рассмотреть другого потенциального отца или мать. Если у потенциальных родителей первая и вторая группы крови, тут без теста на отцовство не разобраться, т.к. у ребенка может быть любая группа.
Группа крови ребенка
Группа крови отца
II(A) III(B) IV(AB) I(O)
Группа крови матери
II(A) A/O A/B/AB/O A/B/AB A/O
III(B) A/B/AB/O B/O A/B/AB B/O
IV(AB) A/B/AB A/B/AB A/B/AB A/B
I(O) A/O B/O A/B O

Рассмотрим, представленные на рынке, фирмы, определяющие отцовство.
Сравнивать различные компании, оказывающие услуги установления отцовства, будем по следующим критериям:
-Цена
-Скорость выполнения
-Предоставление юридически значимых документов по результатам теста - очень важно для всяких судов
-Анонимность - можно ли сделать тест без ведома потенциального ребенка или отца - важно, например, для мам, которые не уверены точно от кого родили, но не хотят выставлять свои сомнения напоказ
-Распространяемость - насколько можно распространить результаты на другие отрасли, тут безусловными лидерами будут 23andme и ftdna.
Сравнивать будем следующие фирмы:
-23andme
-ftdna
-инвитро - на мой взгляд, довольно дорогая компания, но отделения есть по всей России и Украине.
-Диалайн - Волгоградская фирма установления отцовства - думаю похожая есть в любом другом городе.
С нынешним курсом доллара выигрывает типичная фирма типа диалайн, оказывающая услуги теста на отцовство. Со стороны юридической применимости ДНК теста любая отечественная фирма предлагает необходимые для суда документы, тогда как в 23andme и ftdna можно получить только информацию. Хотя на сайте ftdna предлагается воспользоваться услугами dnafindings, полученные в которой документы, можно применить в международных спорах.
Что касается анонимности, на рынке можно найти анонимный тест в российской фирме в пределах 20 -25 тыс. руб. в зависимости от региона. Видимо из-аз страха перед определенными законами, в диалайн отказываются делать тест по генетическому материалу, отличному от крови, но, полагаю, это исключение. 23andme и ftdna предоставляют средний уровень анонимности - вы не можете отправить на тест волос или окурок, нужно взять пробу слюны или мазок с внутренней стороны щеки, что не всегда можно сделать, не вызывая подозрений. Также при проведении теста 23andme или ftdna, вы получаете данные, которые можно использовать и для определения особенностей здоровья и для поиска родственников плюс, если придется столкнуться с определением отцовства повторно, например когда у ребенка 3 потенциальных отца, можно сделать тест для ребенка и для кого-то из возможных отцов, если результат окажется отрицательным,  доплатить 100$, сделав тест для второго возможного отца - не надо платить несколько раз по 20 тыс. руб.
Результаты сравнения сведены в таблицу.

23andme ftdna инвитро диалайн
Цена* 230$ 200$ 40-60 тыс. руб. 15-30 т.р.
Скорость
выполнения
1.5-2 месяца 2-2.5 месяца ускоренный -
до 8 дней
до 30 дней
Юридическая
применимость
Нет Есть, но на отдельном
сайте за отдельную плату (425$),
в РФ скорее всего
неприменимо
Есть Есть
Анонимность Средняя Средняя Высокая,
по необходимости
Нет
Распространяемость Высокая Высокая Отсутствует Отсутствует

*Цены указаны на август 2015

Вообщем оставайтесь верными друг другу, чтобы вопрос отцовства вас не волновал.

четверг, 12 марта 2015 г.

О ДНК и геноме

Как известно из школьного курса биологии, наше тело состоит из клеток. Клетки отличаются по строению и функциям. Одна копия ДНК содержится в каждой клетке нашего организма в ядре в виде хромосом а также в митохондриях в виде кольца. Митохондрии находятся в клетке вне ядра. Человеческий геном это все ДНК, находящееся в одной клетке человека. Но сколько всего ДНК находится в одной клетке? Для начала надо разобраться в чем мерить ДНК. Говоря о геноме, количество ДНК оценивают либо по массе, либо по числу пар нуклеотидов. Причем единица измерения числа пар нуклеотидов это обычно Mb или Mbp - megabase равна миллиону пар нуклеотидов. В 23andme я также видел Gb - миллиард пар нуклеотидов. Всего в человеческом геноме больше 3 миллиардов пар нуклеотидов! То есть больше 3 000 000 000 пар! Точное количество ДНК в организме человека сказать сложно, т.к. наш геном это не статическая вещь, он незначительно меняется. Например на каждой хромосоме есть участки ДНК - теломеры, которые с возрастом уменьшаются.


Но что такое хромосомы? Хромосомы это длинные участки скрученной вокруг протеинов ДНК. Настолько длинные что если распрямить весь наш геном в одну линию, то линия будет длинной около метра! Скручено ДНК вокруг протеинов, называемых гистонами. Вообще, исследуя свое ДНК, вы часто будете сталкиваться с различными протеинами. Коды в ДНК это, в основном, ключ к тому какие надо делать в каком месте организма протеины.
А вот реальная картинка с электронного микроскопа, показывающая как ДНК скручено вокруг гистонов. Черными стрелками показаны гистоны, на которые навивается ДНК, белыми свободные от гистонов участки ДНК. В одном выступлении ted есть просто превосходная анимация, как ДНК скручено вокруг гистонов:


Если знаете английский посмотрите весь ролик, если не знаете, то где-то с 4:42 будет видео ДНК, которое далее будет завиваться вокруг объектов пурпурного цвета (гистонов), а дальше будет видно как вся эта структура образует хромосомы. Очень советую посмотреть картинки.


Участки скрученной вокруг гистонов ДНК также скручены. Вся эта скрученная скрученность и превращается в то, что мы называем хромосомами. В клетках здорового человека 46 хромосом. Нарушения, связанные с количеством хромосом приводят либо к неспособности организма к жизни либо к серьезным отклонениям, таким как, например, синдром Дауна, бесплодие, нарушение половых функций и другим.
Если расположить 46 хромосом в порядке убывания размера, то мы увидим, что почти у каждой хромосомы есть пара с совпадающим размером.  Вообще хромосомы удобно рассматривать именно парами. В каждой паре должны быть либо совпадающие  по размеру хромосомы либо половые хромосомы - о них дальше. Как нетрудно догадаться у здорового человека 23 пары хромосом, в каждой из которых одна хромосома от отца и одна от матери. Пара половых хромосом определяет пол человека. Такие хромосомы обозначают X или Y. От мамы мы можем получить только одну X хромосому, тогда как от папы либо одну X либо одну Y. Пара половых хромосом XX определяет женский пол их обладательницы, пара XY - мужской пол. Хромосомы в половой паре XX имеют одинаковый размер, тогда как в паре XY Y хромосома меньше X. Остальные 22 пары хромосом называются аутосомными хромосомами, и их принято обозначать номерами в порядке убывания размера от 1 до 22. Первая пара аутосомных хромосом самая большая, последняя 22я пара самая маленькая.


Полагаю, что наиболее знакомым для большинства читателей является изображение хромосом в виде фигуры, похожей на букву "X". Действительно каждая хромосома, если посмотреть на нее в микроскоп, будет похожа на что-то подобное.


В действительности, в каждой половинке такой фигуры "Х" будет одна копия одной и той же ДНК. Чтобы дальше на запутаться, следует уяснить, что на каждой из двух картинок выше в этом посте изображено 23 пары хромосом. На первой в каждой хромосоме одна копия ДНК, на второй (где хромосомы зеленые) каждая хромосома имеет по две копии одной и той же ДНК.
Немного о ДНК в митохондриях.
Митохондрии это составляющие клеток (по научному органеллы), которые отвечают за выработку энергии в клетках, а именно за производство молекулы АТФ. Считается, что когда-то митохондрии были отдельными одноклеточными бактериями, но в ходе эволюции они были захвачены другими одноклеточными организмами. Об этом свидетельствует тот факт, что у митохондрий имеется своя собственная ДНК, которой там всего лишь около 17 000 пар нуклеотидов. По сравнению с 3 миллиардами это конечно капля в море.
Хочу поскорей опубликовать этот пост и не перегружать его терминами. В конце просто интересная вещь, когда вы с помощью 23andme.com рассекретили свой геном, то
1 если вы мужчина, вы точно знаете, что ваша половая Y хромосома от отца, а половая X хромосома от матери. Следовательно, вы можете сделать какие-то выводы, например, генеалогического характера о своей ДНК.
2 если вы женщина, то все сложнее - в каждой паре аутосомных и половых хромосом нельзя определить какая от мамы какая от папы. Конечно можно сделать тест для мамы или для папы или для каких-то родственников по маминой или папиной стороны, чтобы найти какая хромосома от кого, но есть еще один способ определить какие-то особенности но только по материнской линии. Митохондриальная ДНК передается исключительно от матери. То есть любой человек, не зависимо от пола, имеет митохондриальную ДНК от своей матери. Если вы женщина и у вас нет Y хромосомы, не отчаивайтесь, вы можете найти информацию о происхождении матери по митохондриальной ДНК.

суббота, 7 марта 2015 г.

Что такое ДНК?

В этом и нескольких последующих постах расскажу немного о том, из чего состоит ДНК, каким образом в ней закодирована информация о нашем организме.
Думаю, у многих читателей ДНК ассоциируется с объектом, изображенном на картинке:


И это правильная ассоциация, это действительно ДНК. Посмотрим на основные особенности молекулы ДНК. Во-первых она похожа на спираль, обычно говорят двойная спираль (надеюсь из картинки понятно почему), во-вторых она состоит из нескольких одинаковых участков, расположенных в какой-то последовательности. Заглянем немного глубже в структуру ДНК. Сперва распрямим ее в одну линию:


Как видите, верхняя и нижняя части очень похожи, поэтому рассмотрим только одну половину ДНК:


Рассматриваемая половина ДНК состоит из четырех одинаковых кирпичиков, расположенных друг за другом в какой-то последовательности. Эти кирпичики называются нуклеотидами (дезоксинуклеотидами). Нуклеотиды отличаются друг от друга азотистыми основаниями, которые в ДНК представлены аденином, тимином, гуанином и цитозином. Азотистые основания принято обозначать следующими латинскими буквами аденин - A, тимин - T, гуанин - G и цитозин - C. В одном из прошлых постов я назвал упомянутые тимин, аденин, гуанин и цитозин нуклеотидами. Это не совсем точно, однако часто, когда речь идет о ДНК особо не отличают нуклеотиды и азотистые основания. Возможно, вы не знаете что такое азотистое основание или, тем более, нуклеотид. Ничего страшного, все эти понятия из химии, это химические вещества, имеющие в своем составе кислород, водород, азот и фосфор. Для генетиков важна последовательность нуклеотидов в структуре ДНК. Именно последовательность нуклеотидов влияет на ваши предрасположенности и говорит о вашем происхождении. Теперь в этом и будущих постах буквами A, T, G и C буду обозначать нуклеотиды в ДНК.
4 буквы A, T, G и C являются алфавитом вашего генетического кода.
Вернемся теперь в раскрученную ДНК, состоящую из двух частей.


Как видите, в ДНК азотистые основания соединяются с друг другом, при этом аденин всегда соединятся с тимином, а гуанин с цитозином. Это значит, что аденин комплементарен тимину, а цитозин гуанину. Причины такой разборчивости азотистых оснований с кем соединятся лежат в химии. Не будем впадать в подробности, как это все работает, запомним лишь, что в двойной спирали ДНК T будет всегда напротив A, а C напротив G.
Из-за такого свойства азотистых оснований избирательно соединяться с другими основаниями, мы всегда можем по одной части ДНК определить, вторую часть, поставив напротив A - T, а напротив C - G и наоборот, поэтому, говоря о последовательности нуклеотидов в ДНК используют только один ряд букв, например TCCAGCAT...
Совокупность всей ДНК человека называется геномом.
Напоследок почему ДНК имеет такое название? Тут многие хорошо образованные читатели, очевидно, скажут, что ДНК это аббревиатура для дезоксирибонуклеиновой кислоты. Но почему рассмотренная нами молекула называется дезоксирибонуклеиновой кислотой? Ответ в химии. Химики любят давать говорящие названия для изучаемых веществ. Даже если название будет очень длинным, разбив его на элементы можно понять какое вещество оно описывает, так и в случае с ДНК.
Посмотрим на структуру отдельного нуклеотида:


Во-первых почему дезоксирибо...? В каждом нуклеотиде есть дезоксирибоза - химическое вещество, обведенное красным. Во-вторых почему нуклеиновая? Каждый нуклеотид содержит азотистое основание, что и дает составляющее "нуклеиновая". В-третьих почему кислота? То, что на картинке обведено синим является остатком фосфорной кислоты.
Пока хватит, остальные интересные нюансы ДНК в нашем организме опишу в следующих постах.

воскресенье, 1 марта 2015 г.

23andme некоторые данные по raw data

После перехода на ступень 5, 23andme предоставит вам доступ к своим необработанным генетическим данным, или простым языком, вы сможете узнать какой нуклеотид у вас находится в каком месте на какой хромосоме. Возможно вы пока не знаете что значит нуклеотид, это не важно. На всякий случай, на скриншоте показал как зайти в раздел "необработанные данные":


Откроется страничка с изображением 22 нумерованных аутосомных хромосом, двух половых хромосом и митохондриальной ДНК. Для тех кто не знает, молекула ДНК у нас находится в хромосомах, которых всего 46 или 23 пары - одна от мамы, вторая от папы. В каждой паре находятся хромосомы одного размера. Первые 22 пары хромосом нумеруются от большей к меньшей (первая самая большая). Последняя пара - половые хромосомы. Они называются отдельно X и Y. Мужчины имеют пару XY, женщины пару XX. Хромосомы содержатся в ядре каждой клетки нашего организма. В ДНК человека находится примерно 3 миллиарда пар нуклеотидов. БОльшая часть из этого находится в хромосомах в ядре каждой клетки, и еще немного находится в митохондриях, которые находятся в клетке вне ядра. Митохондриндриальная молекула ДНК у человека представлена в виде кольца. Не будем лезть в детали, т.к. тема нахождения ДНК в хромосомах и митохондриях заслуживает отдельных постов.


На страничке есть поля для поиска по генам и по однонуклеотидным полиморфизмам (SNP). Не вдаваясь в глубокие подробности, SNP это номер пары нуклеотидов в каком-то месте хромосомы. Нуклеотидов в ДНК всего 4: A, T, C и G - соответственно аденин, тимин, цитозин и гуанин. Ген это какой-то участок нуклеотидов в ДНК, отвечающий за какую-нибудь функцию. Вообщем вот картинка:



Пока хватит углубляться. Зная какие нуклеотиды в SNP, можно предсказать, хорошо ли участок ДНК, в котором этот SNP находится, выполняет свою функцию и выполняет ли он ее вообще - то есть предсказать, особенности организма. Иногда особенности невозможно определить только по одному SNP, нужно рассматривать весь участок, но все же некоторые особенности организма можно предсказать, зная что находится в определенном SNP. От слов к делу, узнаем практические особенности использования Raw data 23andme. Сначала узнаем есть ли у нас врождённая непереносимость алкоголя. В поле SNP вбиваем Rs671 и жмем Go. Появляется такая табличка:


Если у вас в столбце Genotypes находится GG как у меня и моей мамы, поздравляю, у вас нормальная переносимость алкоголя. Если находится AG или AA, алкоголь вы, скорее всего, переносите плохо. При этом, в случае AG и AA лекарство от алкоголизма Дисульфирам не будет иметь на вас эффекта. Если AG, то скорее всего не будет, если AA, то точно не будет.
Теперь посмотрим насколько хорошо мы можем учиться на своих ошибках. Вбиваем как в прошлый раз Rs1800497 и жмем Go. Здесь также, если GG - мои поздравления, вы хорошо учитесь на своих ошибках, если AG или AA - хуже.
Боль в спине SNP Rs2073711 - вариант с GG - есть вероятность болезни поясничного диска. AG или AA - вероятность ниже. Я не особо разбираюсь в болезнях позвоночника, и не нашел как правильно по-русски называется болезнь Lumbar disc disease, вероятность которой и выше при GG. Вкратце, в позвоночнике что-то высыхает из-за чего, что-то обо что-то сильно трется.
Метаболизм кофеина Rs762551 AA - быстрый метаболизм, как в моем случае (скорее всего нет бодрости от кофе), AC или CC медленный метаболизм кофеина.
Тип мышц Rs1815739 - CC - хорошие мышцы, вы, возможно, хороший спринтер, TT - вы хороший атлет в видах спорта, где важна выносливость. CT - у вас смешанный тип мышц, можете быть и тем и тем.
Реакция на никотин Rs1051730 GG - невысокая зависимость от никотина, AA или AG - высокая вероятность возникновения рака легких при курении. Чем больше A, тем больше вероятность.
Не стоит очень серьезно относиться к этим данным. Если у вас болит спина и при этом Rs2073711 имеет GG, возможно причина в генетике, но если спина у вас не болит, а Rs2073711 все равно GG, не стоит думать, что она обязательно заболит. Самовнушение тоже много значит.
Вообще откуда взялась вся информация? Данные были получены в результате наблюдений, потом опубликованы в серьезных научных журналах, откуда это все дошло до нас. К научным публикациям, безусловно, нужно относиться серьезно, это вам не гороскоп, это скорее прогноз погоды - все-таки всегда есть некоторая вероятность ошибки. Кроме того, исследования продолжаются и, возможно, скоро найдутся какие-то ошибки или появятся новые открытия, а уже имеющиеся данные будут уточнены.
Напоследок, вот метод как определить группу крови по данным 
Проверяем следующие комбинации:
rs8176719, rs8176746 и rs8176747
далее заходим сюда и смотрим по таблице нашу группу крови. Для SNP rs8176746
23andme выдает значения с буквами GT, в таблице буквы AC, так вот G в 23andme соответствует C в таблице, а T в 23andme соответствует A в таблице. Группы крови в таблице Type O - первая, Type A - вторая, Type B - третья, Type AB - четвертая.

пятница, 27 февраля 2015 г.

Этапы анализа 23andme

Результаты 23andme для моей мамы частично готовы. В этом посте поделюсь временем анализа слюны и вкратце расскажу что происходит на каких этапах анализа.
После покупки пробирки для сбора слюны на самом сайте 23andme вы попадаете на первую ступень из шести до достижения результатов. Зайдя в личный кабинет, вы увидите сообщение, что надо зарегистрировать пробирку:


Дальше, после получения и регистрации пробирки, начнется вторая ступень "образец в пути". Разумеется, время доставки образца зависит от места отправления. По моему опыту, после того как почта России в трекномере отправит образец на "экспорт" через 3-4 дня вы увидите образец на сортировке в Нью Йорке. Все посылки в США едут сначала в Нью Йорк. Несмотря на то, что Лос Анджелес - наша конечная точка находится на другом конце Америки от Нью Йорка, из последнего USPS доставит ее за 3-4 дня.


Когда посылка приедет в место назначения и USPS напишет, что посылка доставлена (Delivered), пройдет еще какое-то время, перед тем как вы перейдете на ступень 3. Это связано с тем, что по тому адресу, куда вы отправили посылку находится не лаборатория 23andme, а, пункт приема посылок. До самой лаборатории пробирка будет добираться от 1 дня до недели. Когда она туда приедет, и с нее считают штрих-код, вам придет e-mail о начале третьей ступени.


На третьей ступени происходит получение самой ДНК из отосланного материала. В вашей слюне 23andme сначала имеет дело разумеется не с самой ДНК, а с вашими клетками, из которых надо эту ДНК извлечь. Поэтому одной из рекомендаций перед и при сборе слюны в пробирку является массаж щек, в ходе которого клетки с внутренней стороны щек попадут в слюну. Процесс извлечения называется экстракция. Дальше, чтобы получить достаточное количество вашей ДНК, ее копируют (амплификация). Еще стадия 3 также включает визуальный осмотр слюны. Ступень 3 длится 3-4 дня. Иногда конечно дольше, но на форуме обычно такое время. После этого, наступает ступень 4 - анализ ДНК.


Во время анализа ДНК происходят следующие этапы: сперва ДНК наносят на чип, на котором находится множество различных участков, к которым ДНК может прицепиться. В зависимости от того что находится в определенном участке вашей ДНК, она присоединится к определенному участку. После присоединения, на чип светят определенным излучением и участки, к которым присоединилось именно ваше ДНК подсвечиваются и дают необходимую информацию. Это называется генотипирование. Конечно все описанные процессы значительно сложнее и включают кучу нюансов. После того, как результаты получены начинается их проверка, которая тоже проходит на четвертой ступени. Проверяют результаты во-первых насколько они полны. При анализе удается определить далеко не все интересующие части ДНК. 23andme проверяет, чтобы количество распознанных участков было не меньше 98% от всех анализируемых участков (это называется Call rate). Еще 23andme проверяет результаты на точность, это во-вторых. Как говориться на сайте 23andme среди прочего сопоставляется пол анализируемого человека, указанный в ходе регистрации пробирки, с полом определенным в ходе анализа, поэтому указывайте свой настоящий пол при регистрации - по нему будут сверять полученные данные! По данным с форума 23andme четвертая стадия идет 5-14 дней. Причем, бОльшая часть из этого времени это сам анализ ДНК. Проверка результатов занимает 1-2 дня. У некоторых на форуме проверка шла 10+ дней. Когда данные проверили, наступает пятая стадия - первые результаты.


После наступления этой стадии, можете быть спокойны, вы точно получите результаты исследования. Для некоторых людей из-за особенностей их ДНК а также из-за малого количества ДНК в их слюне 23andme иногда не может провести анализ. В этом случае 23andme либо вышлет дополнительную пробирку, либо вернет деньги. Не стоит бояться, таких людей очень мало. На пятой стадии будут доступны необработанные генетические данные, известные родственники (если есть). Например 23andme говорит, что по материнской линии я дальний родственник принца Филиппа, Наполеона, Луки Евангелиста и кого-то еще. Вам скажут процент неандертальцев в ваших генах. В будущих постах я напишу подробнее о результатах и их анализе.
Через 2-3 дня наступает шестая ступень.


На ней будут доступны данные о ДНК-родственниках и происхождении. По завершению всех стадий 23andme напишет: "Все результаты готовы, веселитесь, изучая свое ДНК". (all of your ancestry features are now available. Have fun exploring your genome!)